1913年3月20日晚，宋教仁在上海火车站被刺杀，身中三枪生命垂危。在医院他对于右任说：我身体很痛，估计是活不成了。我在南京、北京和东京都有大量的存书，委托老兄把它捐给南京图书馆。我一生投身革命，家贫无钱，但上有老母，下有幼子，希望你和黄兴老兄，包括我的其他朋友能为我照料。

1913年3月20日晚上，上海火车站站台人来人往。32岁的宋教仁在黄兴、于右任等人陪同下走向检票口，准备返回北京参与民国初年的议会事务。

虽然宋教仁只有31岁，却已是国民党的重要领导人，这位国民党代理理事长刚领导国民党在国会选举中大获全胜，即将成为新任内阁总理。

然而，就在他伸手接回车票的瞬间，几声枪响打破了平静，宋教仁身中三枪倒地，鲜血染红了他的衣衫。在场的友人惊慌失措，将他紧急送往附近的铁路医院。

医院手术台上，医生取出了一颗浸毒的子弹，尽管两次手术清除了腹腔污血，但毒素已随血液蔓延全身。

弥留之际的宋教仁，委托于黄兴、于右任，将他存放在南京、北京等地的大量书籍捐赠给南京图书馆，因为这些书籍是他多年革命生涯的积累。

不仅如此，宋教仁还提到自己家境贫寒，没有积蓄，但上有年迈的母亲，下有年幼的儿子，希望黄兴、于右任及其他朋友代为照料。

宋教仁在遇刺后两天，即3月22日，因伤势过重去世。他的葬礼在上海举行，两万人自发护送灵柩，全国报纸以头版哀悼这位“宪政之父”。

宋教仁之死并非偶然，而是民国初年政治博弈的必然结局，因为他推动的责任内阁制主张议会主导政权，总理向国会负责，总统仅为国家象征。

这与袁世凯尖锐对立，所以袁曾派人送去空白支票任其填写，又许诺只要不搞责任内阁便提名他当总理，都遭到了宋教仁的拒绝。

所以当宋教仁在长沙、武汉、南京巡回演说，宣称“未来总统虽可虚位，但内阁必由政党组织”时，杀机早已锁定这位书生气的政治家。

枪杀宋教仁的幕后黑手很快浮出水面，三天后，失业军人武士英被捕，供出受上海青帮头目应桂馨指使。巡捕在应宅查获国务总理赵秉钧、袁氏机要秘书洪述祖与应桂馨的密电，直指袁世凯政府。

但随后案情发展复杂，武士英暴毙狱中，应桂馨越狱后索酬未果被刺死在火车上，赵秉钧"急病"猝亡死。唯一伏法者是潜逃六年的洪述祖，他被宋教仁的儿子抓获，成为民国首个绞刑犯。

遇刺中断了宋教仁的政治生涯，但他的思想却影响了后世。国民党在宋教仁去世后继续推动民主运动，孙中山等人以他为榜样，发起“二次革命”。

但袁世凯借机镇压并解散国民党与国会，最终走向帝制复辟，军阀混战的时代序幕由此拉开，脆弱的民主共和体制夭折于摇篮之中。