公元前500年，小亚细亚的希腊城邦米利都爆发了反抗波斯人的起义，一些巴尔干半岛的希腊城邦如雅典派兵支援米利都。起义最终被大流士一世派兵平定，但大流士对曾帮助米利都的大陆希腊人心有余悸，准备出兵讨伐希腊。 公元前492年，大流士一世派女婿马尔多尼乌斯率领一支军队进攻希腊，波斯军队在到达色雷斯的卡尔昔狄半岛的阿托斯山时，舰队遭到了强烈的风暴袭击，海军损失惨重，陆军也被伏击。波斯军队只能撤回小亚细亚，放弃了这次进攻。 公元前490年大流士一世再次派出军队进攻希腊，这一次波斯军队从小亚细亚出发，横渡爱琴海，直接向阿提卡半岛攻击。公元前490年8月12日，波斯军队与雅典军队在马拉松平原交战，波斯军队战败，撤回了小亚细亚。 再次战败后，大流士一世并未放弃对希腊的进攻，但埃及和巴比伦等地都爆发了反抗波斯的起义，大流士只能先平定叛乱，但公元前486年，大流士一世病死。