这位年轻的国王几乎没有时间寻求解决方案，法国就陷入了宗教暴力之中。1562 年 4 月，瓦西大屠杀引发了内战，吉斯公爵和他的手下偶然发现数百名胡格诺派教徒在谷仓里举行仪式，并将他们杀死。为了保证自己的安全，法国各地的胡格诺派教徒开始夺取城市的政治和军事指挥权。虽然大多数政变都是在夜幕的掩护下发生的，但天主教徒进行了激烈的抵抗，街道变成了战场。教堂的珍宝被抢走，在不受控制的偶像破坏运动中被夷为平地，而敌人则在战斗中、在家中和床上互相残杀。查理发现很难控制双方的暴行，胡格诺派的叛乱尤其表明他的权威因少数派而受到削弱。 1562 年 5 月 11 日，他在写给莫吉隆先生的一封信中表示，他决心要求人们对他表示应有的服从，并清除国内所有违背他的荣誉和权威的叛乱分子，并敦促莫吉隆“考虑到我的王权和名誉”采取行动。   大多数城市在流血冲突中被天主教徒夺回，但这些政变引发的怨恨削弱了教派关系。天主教徒对胡格诺派的厚颜无耻感到愤怒，特别是他们试图将异端邪说强加于他人，并攻击当地政治机构的神圣性。胡格诺派觉得自己受到了不公正的挫败，并鄙视天主教徒延续他们的虚假信仰。难怪当冲突表面上停止时，整个王国仍然继续发生严重的骚乱。