明朝末年，以1618年广东省下大雪为标志，中国进入第四次小冰河时期，气温大幅度下降，使粮食大幅度减产，庄稼颗粒无收的现象比比皆是。

老鼠也是一种依赖农业生产的动物。当粮食大幅度减产后，老鼠就会靠近人类的生活圈子，寻找食物和水。1633年，在山西省，一只老鼠感染鼠疫菌后，体内出现高热症状，内脏开始溃烂出血。

当这只老鼠死后，它体内的大量鼠疫菌开始转移到其他老鼠身上，随后从一个老鼠家庭向其他老鼠家庭传染，很快整个山西省都布满了鼠疫菌。

与此同时，因天灾造成的饥民们食不果腹，他们开始偷吃老鼠藏在洞里的食物，甚至开吃大片死在路边的老鼠。于是，一场横扫全国的大鼠疫就这样爆发了！

1641年7月，鼠疫开始传播到大明京城，当时有官员估算这场鼠疫至少夺走了20万北京人的性命。

1644年4月，被鼠疫折磨近3年的京城早已元气大伤。经过2天不算激烈的战斗，李自成大军就攻陷京城，崇祯帝不得不自缢于煤山槐树之下。

对于明朝灭亡的原因，史学界一直存在争议。一般认为是李自成推翻的，满清在后面撬墙脚。也有的认为是大明朝廷内部出了问题，亡在政治腐败和党争上。这些观点可以说是，也可以说不是。

如果跳出史学，从流行病学的角度分析，问题就简单了——鼠疫，是鼠疫导致天下大乱。崇祯年间的大鼠疫，间接造成了京城的沦陷与明朝的灭亡。

明亡一个月后，清军联合吴三桂大破李自成大军。据说李的军队是感染了鼠疫，士气一蹶不振才失败的。

那么问题来了，既然李自成大军与清军有过亲密接触，为什么清军没有感染鼠疫？这个问题一度困扰了学术界很久，后来还是欧洲人给我们揭开了这个谜。

众所周知，早在十四世纪，欧洲就爆发了一场大鼠疫，导致2500多万人死亡，幸存者还留下了相关壁画和文字，后来人们对那些壁画和文字进行研究，发现那场鼠疫害死那么多人，却单单放过了骑兵。

他们由此得出结论：鼠疫是经老鼠身上的跳蚤传播的，而跳蚤讨厌马的气味，所以骑兵很难被鼠疫传染。而当时的清军，也主要由骑兵组成，所以有人推测，清军之所以安然无恙，可能也是这个原因。

有专家认为，明末的大鼠疫深刻地改变了中国的社会秩序、人口结构、政治格局和人文环境。