刚刚在回疆建立自己的政权不过两年多的和卓兄弟，显然没有可能充分动员当地的人力物力，其核心力量不过是“沙喇斯、玛呼斯厄鲁特，及由伊犁带往之乌沙克回众等”。

在宗教氛围比较浓厚的西四城地区，和卓兄弟虽能纠集到党徒，但未经训练、缺乏组织、装备不良的乌合之众在战争中的作用是十分有限的。

至于在布拉尼敦得势时一度蚁附的亲准噶尔各城伯克、布鲁特部落等势力，一旦局势明朗便纷纷见风使舵地与残存的黑山派一起投入清朝阵营。

特别是当初极力鼓动派遣和卓招抚回疆的野心家霍集斯，此时已经通过与布拉尼敦的合作，极大地扩张了自己的势力，用清政府的话说是“与两和卓木等”，但战事爆发时，他立刻就以实际行动向清政府效忠，想要对霍集占重施擒献达瓦齐之故伎，结果虽未成功，但也表明了立场，洗刷了自己的嫌疑。

对回疆广大普通民众而言，最渴望的则莫过于自从白山与黑山两派和卓爆发内讧以来，漫长的动荡时代尽早结束，而无论就当时的实际情况还是从以后的历史来看，只有接受清朝的统治才是他们的正确选择。

当战争持续到1759年时，除了少数从伊犁带回的亲随，以及走投无路的准噶尔部残军，几乎回疆的所有阶层都抛弃了和卓兄弟，面对无人守卫的喀什噶尔和叶尔羌，大小和卓只能在清军到来之前远走他乡，最终在巴达克山迎来死亡的结局。

然而尽管武力对比与人心向背如此悬殊，与中亚伊斯兰势力的这次交锋仍不如清政府设想的那么顺利。在清政府眼中，准部如狼，回部如羊，群狼无首尚且任人宰割，群羊惶恐更是手到擒来。

在清军攻陷库车、东四城大小伯克蜂拥投降后，清高宗认为胜利已经唾手可得。乾隆二十四年（1759）四月，清高宗接连催促兆惠以现有兵力迅速西进，夺取喀什噶尔、叶尔羌，彻底消灭和卓政权。

然而清军在叶尔羌城下之英齐盘山大败，又陷于黑水之围，这对志得意满的清高宗而言无异于当头棒喝。事后，高宗一方面高调表示自我检讨，一方面又大大夸张了清军的表现，以为其遭遇意料之外困难的统一战争辩护。

无论如何，此役堪称自从乾隆二十年清军进兵西域以来最严重的挫折。和卓军与清军的实际兵力差距，远非如高宗所吹嘘的“数万人与我三千人战”，战前霍集斯曾言，喀什噶尔、叶尔羌两城可集众不过万人。

兆惠自己也认为据守叶尔羌的霍集占所部，不过是其从伊犁带回的亲随和准噶尔残军，可战之兵不过两、三千人，布拉尼敦之援军，亦至多万人之数，何况还要大小和卓还要兼顾从西北布鲁特部落到东南和阗的多条战线。

而清军之所以能坚守数月，则必须要考虑到和卓军在围攻了月余后便意欲乘胜求和，兆惠也趁机拖延，两军“从此俱未交锋”。

自出兵伊犁以来，数年间与准噶尔、哈萨克、布鲁特诸多游牧民族交锋，连战连捷，少有败绩，却于其一向轻视的回疆穆斯林的叶尔羌城下受此重挫，主帅几陨。

这既是清帝迷信满蒙骑射武力，轻视和卓军的抵抗意志和战斗力的恶果，又是游牧民族武力衰退、西式火器引导战争形式转变的一个注脚，也是伊斯兰教圣战向一贯轻视宗教的东亚儒家文明所发出的不祥警告。

统治了这片曾经一度属于中亚”伊斯兰世界”的土地的清朝很快就将发现，尽管它消灭了人类历史上最后的游牧帝国，保卫西域所面临的压力却并不比汉唐轻松；

而数十年后攻守易位的清军官兵坐困愁城时，面对着团结在曾被清高宗轻蔑地嘲笑为“不解其意言詀詀”的和卓旗帜下的狂热敌人，恐怕再也不会有当年“绿旗围城腹背敌，屹立不动战方酣”的自信洒脱。