浙东地区民风彪悍，剃发令之下反抗激烈，元戎政兵部尚书张国维、总兵方国安、王志仁等人不知隆武已经登基，7月18日拥立逃到浙东的鲁王朱以海为监国，这使唐、鲁双方都很尴尬，而且双方政权都存在比较大的问题。朱以海是朱元璋十世孙，九世祖为太祖第十子，朱聿键被拥立的原因也基本一样，朱以海比潞王等人强，起码有骨气，敢于上前线阅兵，鼓舞士兵。朱以海有一点和朱聿键不同，他和大部分藩王一样，养尊处优的长大，没有什么治国才能，任用外戚佞臣，这几乎是守成君王的通病。

鲁监国政权最大的问题还在于军事制度，浙东地处抗清前线，方国安王之人手握兵权，又有定策之功，所以依然是藩镇做大。鲁监国控制区延续了弘光朝江北四镇和左良玉的，就只只给正规军发粮，民众组织起来的一兵，要自己去筹措粮饷，就更别说组织训练提高战斗力了，仅这一条就足以严重打击民众抗清的积极性。隆武吃过苦，带过兵，应该说是个不错的皇帝人选。可是他的短板也在于此，唐王从未出过，皇帝威信不足，朱聿键又曾抗旨兴兵，登基全靠郑鸿逵兄弟扶持。。隆武称皇帝，但指挥不动郑家军事力量，广西瞿式耜数亿桂王都只是名义上拥护鲁，这样的隆武没有多少实权。二主并立的局面出现了。

为大局着想，建国稍晚的鲁王退让，但定策之功巨大，鲁监国的许多大臣们不肯轻易退让。相互发现对方后，九月，隆武派使者到浙东，宣布两家不分彼此，鲁监国的大臣可以在鲁朝担任同等官职，并立朱以海为继承人。在是否承认隆武的问题上，大臣们分成两派，朱以海负气出走台州，又被反对派请回。隆武二年正月，隆武为缓和气氛，命都御史路清源带着十万两白银到这种犒军。鲁监国一方甚至为了挣得超过隆武的威望，独自出兵攻杭州，想要恢复南京，结果大败。军事上的失利导致了畏缩情绪，鲁监国控制区陷入内耗。在唐鲁僵持阶段，还发生了朱元璋侄儿朱文正、后代靖江王朱亨嘉的自立事件。虽然短期内被隆武评定，但朱亨嘉自立事件却不是个例，这也真实反映出当时南明上层的自私本性。抗清的原因中，为国为民的比重不高，目的如此不纯。恢复河山难上加难。

隆武没多少实权，忠心的臣子也不多，但他锐意恢复，即位十天，他就杀清朝劝降的使者，他要御驾亲征，但因为郑家兄弟的掣肘，没能成行。隆武朝的国策是与弘光朝截然不同的，简而言之，就是联合农民军抗清，这对南明具有重要意义，是此后维持南明政权的根本。隆武有感于党争误国，提出了用公民，提倡摒弃门户之见，人尽其用。此外，他整顿吏治，严惩贪污，得到百姓拥护。个人生活上，隆武节俭，喜欢读书，没有天皇贵胄的奢靡习气，很是难得。黄道周出征被俘杀，马士英殉国，方国安等不战而降，浙东被清军占领，王志仁殉国，朱以海逃到海上，战事急转直下，清军位于任何抵抗，越过福建屏障仙霞岭，隆武学曹操烧了投降信，想重新赢得人心，但此时形式已经不可逆转。8月21日，隆武从严平谷出发去往赣州，随行军兵不多，一行人途中与清军只好逃遁。27日，隆武到长汀。28日，隆武与后宫大臣在长汀被俘杀。隆武在位仅一年，力图恢复，但宗室争相监国，权臣跋扈祥青政令难以实行，他实在是有心无力。