面对日本，台当局在事关核心利益的问题上表现窝囊，这点一直没有得到改观。据台湾海巡部门发布的消息称，台湾大学“新海研一号”科考船，在距离花莲港东南方向69海里处进行考察作业时，遭遇日本巡视船的袭扰。日方巡视船在距离台科考船4海里时，开始加速靠近，最终演变为一场长达10小时的对峙。

对峙中，日方巡视船气焰嚣张，不断对台科考船进行骚扰和喊话，声称该海域为日本“专属经济区”，未经日方同意，台湾船只不得进行科研活动。在日方巡视船的施压下，台科考船只得先行离开敏感水域，而日方巡视船随后才离开。

日方巡视船骚扰台科考船事件所在海域并没有明确划界，但其距离台湾本岛更近，一向被视为是中国的专属经济区，日方开着巡视船，来到家门口执法挑衅，实在欺人太甚。当然，台当局的应对也是极其软弱，在派出花莲舰前往支援后，仍无法保证己方科考船继续正常作业，反而率先示弱撤出该海域。前来支援的花莲舰的动作非常有意思，不是帮助己方科考船将日方巡视船驱离出该海域，只是拦在两艘船之间，等待台科考船先离开。事后，台当局没有对该事件给出明确且权威的回应，试图淡化关键问题，以免影响“日台”双边关系。

台当局的操作属实让人气愤，岛内民众纷纷发声，讽刺台船只认输先退的软弱行为，批评台当局宣扬的所谓“台日友好“是镜花水月。事关主权问题，中国大陆向来高度重视，毫不含糊，台当局对日方如此软弱，中国大陆必须要做出回应，为气愤的岛内民众撑腰打气，也为维护中国主权摆明态度。

例行记者会上，外交部发言人汪文斌认为，有关事发海域距离台湾岛非常近，中国科研机构完全有权在该海域开展科考活动，外国不应干涉。至于日方提到的所谓“专属经济区”，实际上也是不合法的。因为中日在台湾以东海域还没有划界，中方不接受日方提出的专属经济区和行使管辖权的主张。对于日方巡视船的违法行为，中方已经向日方提出交涉，要求日方不得干扰包括台湾地区在内的中方船只，在该海域正常的科考活动。

日本船只和台湾船只在台岛以东海域发生摩擦的事件时有发生，台当局和台湾民众基本上只有被欺负的份。此前，台湾渔船在台“经济海域”进行捕鱼时，被日方护渔船驱离，台渔船不想发生冲突，掉头返回港口，谁知日方渔船非但没有随之撤出，反而紧追台湾渔船长达1小时，接近台湾苏澳渔港后才返回，根本不把台湾海事部门的护卫力量放在眼里。

距离台岛更近的东部海域，日本船只都如此嚣张跋扈，当台湾船只来到更远处的钓鱼岛周边海域时，受到的待遇更不必多言。此前台湾苏澳籍渔船在钓鱼岛附近海域开展捕鱼作业，直接遭到日本公务船冲撞，船只受损严重。此时，台当局派驻日本的代表谢长廷一声不吭，既没有为受害的台湾渔民发声，也没有对钓鱼岛主权问题向日方提出任何抗议和不满。

相比之下，中国大陆在涉及主权问题上的态度要强硬很多，特别是在日方认为存在争议的领土问题上，中国大陆必然是寸土不让，气势不输。解放军环台军演，向日本所谓“专属经济区”发射导弹，日方敢怒不敢言。如今。中国海警船的钓鱼岛巡航已经实现常态化，日方只有继续适应和习惯这种操作。真理在大炮的射程之内，骨气建立在强大的实力之上，台湾只有回到祖国的怀抱，在祖国的庇护下，才能以中国人的身份，获得其他国家的尊重。