一、上海交通大学医学院附属瑞金医院（全国医院排名第4名，华东区域排名第1名）；
1.全国排名科室：内分泌科、血液净化中心、血液内科、呼吸内科、急诊呼吸科、烧伤整形外科、皮肤科、感染病科、核医学、普外科、心脏外科、心外科、乳腺外科、风湿免疫科、肾脏内科、心脏内科、急诊神经内科、神经内科、胸外科、急诊科、检验科等；
2.国家重点科室：消化科等；
3.华中区域排名科室：心内科、心脏外科、康复医学科等。
二、复旦大学附属中山医院（全国排名第5名，华东区域排名第2名）；
1.全国排名科室：全科医学科、心内科、普外科、核医学科、心外科、心脏外科、胃肠外科、乳腺外科、肝肿瘤外科、甲状腺外科、血管外科、内窥中心、呼吸内科、胸外科、呼吸科、麻醉科、整形外科、消化内科、肾内科、内分泌科、放射治疗科、超声科等；
2.国家重点科室：护理学科、中西医结合科、耳鼻喉科、眼科、肝肿瘤内科、中医科、神经外科、泌尿外科等；
3.市重点科室：骨科、康复科等。
三、复旦大学附属华山医院（全国医院排名第8名，华东区域排名第5名）；
1.全国排名科室：皮肤科、感染病、康复医学科、神经外科、运动医学科、神经内科、变态反应科、检验科、放射科等；
2.国家重点科室：中西医结合科、肿瘤科、消化科、内分泌科等；
3.华东区域排名科室：肾病科、变态反应科、骨科、手外科、麻醉科等。
四、上海交通大学医学院附属仁济医院（全国医院排名第18名，华东区域排名第8名）；
1.全国排名科室：消化科、风湿病科、过敏科、泌尿科、麻醉科、疼痛科、妇产科、妇产肿瘤科、生殖医学科等；
2.国家重点科室：心内科、肾脏科、胃肠外科、胆胰外科、血管外科、神经外科等；
3.市重点科室：肝脏外科、肿瘤科等。
五、上海交通大学医学院附属第九人民医院（全国医院排名第22名，华东区域排名第10名）；
1.全国排名科室：创面修复科、整复外科、激光美容科、口腔外科、口腔修复科、口腔综合科、口腔正畸科、口腔黏膜病科、口腔种植科、牙周病科、牙体牙髓科、耳鼻喉头颈外科、眼科等；
2.国家重点科室：心血管内科、骨科等。
六、上海市第六人民医院（全国医院排名第28名，华东区域排名第12名）；
1.全国排名科室：骨科、骨质疏松专科、内分泌代谢病科、运动医学科、耳鼻咽喉头颈外科、超声医学科等；
2.国家重点科室：针推伤科、超声医学科、胸外科等；
3.市重点科室：放射科、病理科、药剂科等。
七、复旦大学附属肿瘤医院徐汇院区〈专科〉（全国医院排名第30名，复旦区域排名第15名）：
1.全国排名科室：胰腺外科、综合治疗科、胸外科、胃外科、乳腺外科、肝脏外科、大肠外科、神经外科、介入治疗科、泌尿外科、骨软组织外科、肿瘤妇科、乳腺及泌尿肿瘤内科、头颅及内分泌、消化肿瘤内科、淋巴瘤科、胸部肿瘤内科、神经内分泌肿瘤、肿瘤预防部、头颈外科、中西医结合科、放射治疗中心、放射诊断科、病理科等（以上各科都是全国2、3名，厉害）。
八、复旦大学附属儿科医院〈儿童〉（全国医院排名第39名）；
1.全国排名科室：心内科、心血管中心、肾脏科、呼吸科、内分泌遗传代谢科、神经科、血液科、风湿科、儿科研究所、新生儿科、普外、新生儿外科、消化科、感染传染科、重症医学科、儿童保健科、心胸外科等（以上各个排名全国第1）；（以下各科全国排名第2）神经外科、泌尿外科、整形外科、肿瘤外科、耳鼻咽喉头颈外科等；
2.国家重点科室：中医科、普外科等。
九、上海长海医院（全国医院排名第41名，复旦区域排名第14名）；
1.全国排名科室：消化内科、烧伤外科、泌尿外科等；
2.国家重点科室：心血管外科、脊柱外科、麻醉科、整形外科、核医学科、
3.市重点科室：心内科等。
十、上海交通大学医学院附属新华医院（全国医院排名第44名，华东区域排名第18名）；
1.全国排名科室：疼痛科、上海儿科医学、新生儿科、小儿感染科、小儿消化营养科、小儿呼吸内科、小儿心血管科、小儿肾脏内科、小儿神经内科、小儿外科、小儿骨科、小儿泌尿外科、小儿神经外科等；
2.国家重点科室：耳鼻咽喉头颈外科、检验科、急诊医学科、皮肤科、口腔科、心血管内科、普外科、心胸外科、肛肠外科、骨科等；
3.华东区域排名科室：药学部等。
十一、上海肺科医院〈专科〉（全国医院排名第49名）；
1.全国排名科室：胸外科、结核科、上海市肺科医院重点实验室等；
2.国家重点科室：尘肺科、中毒科等；
3.市重点科室：呼吸与危重症医学科、中西医结合科等。
十二、复旦大学眼耳鼻喉科医院〈专科〉（全国医院排名第54名）；
全国排名科室：眼耳鼻整形外科、小儿耳鼻喉科、咽喉科、耳科中心、耳鼻喉科、耳鼻喉科其他、耳鼻喉科检查中心、鼻科、头颈外科等（以上各科全国第1）；（以下全国排名第3）眼科、白内障与晶状体、青光眼、视光学科等。
十三、上海市第一人民医院（全国医院排名第82名）；
1.全国排名科室：上海交通大学眼科研究所、上海眼底病重点实验室、上海眼病防治中心、上海眼科研究所、上海视觉复明临床医学中心、眼科临床医学中心等；
2.国家重点科室：普外科、耳鼻咽喉头颈外科等。
十四、上海儿童医学中心（全国医院排名第83名）；
全国排名科室：发育行为儿科、新生儿科、感染科、消化内科、呼吸内科、心血管内科、肾脏科、血液肿瘤科、神经内科、普外科、骨科、泌尿外科、心胸外科、神经外科、重症医学科等。
十五、复旦大学附属妇产科医院（全国医院排名第86名）；
全国排名科室：妇科内分泌与生殖医学科、妇产科遗传中心、妇科、普通妇科、妇科肿瘤科、计划生育科、中西医结合妇科等。
十六、上海市胸科医院（全国医院排名第87名）；
1.全国排名科室：上海市肺病肿瘤临床医学中心、胸外科等；
2.国家重点科室：心血管内科等；
3.华东区域排名科室：心血管病学、心脏大血管外科、肿瘤科、中西医结合肿瘤专业等。
十七、上海长征医院（全国医院排名第91名）；
1.全国排名科室：骨科研究所、脊柱外科、关节外科、骨创伤外科、骨肿瘤外科、放射诊断科等；
2.国家重点科室：中医科、肛肠外科、血管外科、胸外创伤中心、泌尿外科、心血管内科、消化内科、胸外科、肠胃外科、胰胆外科等；
3.市重点科室：麻醉科、皮肤科、神经外科等。
十八、上海市精神卫生中心（全国医院排名第92名）；
全国排名科室：心理咨询、成瘾与司法精神病学、临床心理学、精神分裂症、精神科、临床精神病学、生物精神病学、公共卫生与精神病学、临床精神病学研究室等。
十九、上海市公共卫生临床中心（全国医院排名第92名）；
1.全国排名科室：胸外科、结核科等；
2.国家重点科室：中西医结合科等；
3.华东区域排名科室：肝胆内科、感染与免疫科、肝病科、重症肝病科等；
4.市重点科室：妇产科等。
二十、上海第十人民医院（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：消化内科、特需科等；
2.市重点专科：超声医学诊断科、临床药学、药学部等。
上海市第一妇婴保健院（区域重点科室医院）；
1.华东区域排名科室：产科内分泌亚、产科早产、产科胎盘疾病、产科高血压疾病、妇科海扶治疗中心、妇科肿瘤等；
2.市重点科室：急诊妇科、生殖外科等。
二十一、上海中医药大学附属曙光医院（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：心血管内科、肾病科、呼吸科、内分泌科、肛肠科、儿科、耳鼻咽喉科、针灸科、肝病一科等；
2.市重点科室：神经内科、肝病科、神经内科等。
二十二、上海中医药大学附属龙华医院（国家重点科室医院）；
1.国家重点科室：脾胃病科、肾内科、风湿免疫科、肛肠科、骨伤科、肿瘤三科、儿科、眼科、中医乳腺科等；
2.市重点科室：中医外科、肿瘤科、肾病科等。
以及上海市同济医院、上海市儿童医院、复旦大学附属华东医院、上海市东方医院、海军特色医学中心、上海第七医院等。
