1980年，新疆军区军政主官调整，原司令吴克华、政委郭林祥分别担任广州军区司令，南京军区第一政委。谁来坐镇新疆军区司令员一职务？上级原本拟定饶守坤，但最终因为周边形势而改为肖全夫，调谭友林为政委。

上世纪八十年代初，美苏争霸，而我国已经面临苏联入侵的威胁。

新疆幅员辽阔，与苏联和蒙古接壤边境线长达4000多公里，一旦发生战争，边境成为不可避免的前线。新疆远离内地，要坚持独立作战、长期作战，需要一位具备这种能力的指挥员。

从六十年代后期开始，上级对谁来担任新疆军区司令是非常关心的，调善战的龙书金。进入七十年代，随着1969年珍宝岛战役后，北境局势日益紧张，上级调杨勇、刘震、吴克华先后担任司令员。他们几位在军中的军事能力毋庸置疑。从派司令员就可以看得出，边境局势大于一切。

吴克华调离，上级之所以看中肖全夫，是因为在1969年他作为沈阳军区副司令兼参谋长指挥反击中，取得很好的成绩。他所独具的珍宝岛之战的业绩，使得这一切变得顺理成章。

此时在新疆军区任职压力不小，因为上级除了军事、外交和对一些不适当决定否决权外，其余的事情，什么办，什么不办，采取什么方法办享有很大的决断权。

如何开展工作，到任后就对新疆各地进行现场勘察，检查和了解各方面情况，如地理、民情、资源。狠抓部队训练，多次进行演习。在新疆军区的历史上，他是第一位主持大规模军事演习的司令员。总长杨得志，副总长张震，总政部副主任，总后勤部部长洪学智，以及几个大军区负责人，不少军兵种负责人都去演习现场观摩。

这次演习不仅仅新疆军区历史上最大，也在演习中探索到未来战争。他提出现代化政治的立体性，又提出防敌空中袭击和反空降作战的训练课题，并亲自担任演习领导小组组长，勘探地形，明确课题，进行各方面预演，使得这些方面得到很大提升。

在新疆军区工作几年，随着国际形势的变化，我边境地区趋于稳定。尽管没有发生战争，可他在新疆军区的工作是值得肯定的 ，部队随时准备着。