中统的前身是国民党中央组织部党务调查科，由陈立夫于1928年创立；军统的前身是国民党党团组织中华复兴社（蓝衣社）下属特务处，处长是戴笠。

1935年4月，为了统一协调情报工作，成立了军事委员会调查统计局，陈立夫任局长，下设三个处：将原国民中央组织部调查科设为第一处，徐恩曾任处长；将原中华复兴社特务处编为第二处，戴笠任处长；新设总务处为第三处，丁默村任处长。

但是徐恩曾与戴笠两人图功心切，双方互不相让。特别是戴笠，仰仗蒋的信任，往往越过陈立夫直接向蒋介石请示，在蒋的纵容下，陈立夫对戴笠的节制形同虚设；这使得军统与中统的竞争中更加强势。

1938年8月，军事委员会调查统计局撤销，并对第一处和第二处进行了扩建改编：

将原来第一处扩充为国民党中央执行委员会调查统计局，简称中统，国民党执行委员会秘书长兼任局长，徐恩曾任副局长。中统自此以各地的国民党党部为基础，在此基础上设置调查统计室，主要影响力集中于文教领域，如文化团体和大专院校等，在抗战中日渐失势。

第二处扩充为国民军事委员会调查统计局，简称军统。贺耀祖任第一任局长，戴笠任负责主要工作的副局长，后戴笠长期任局长直至1946年3月飞机失事丧生。军统的职责除负责刺探情报、进行反谍工作外，军统局亦以刺杀等手段执行情报任务。1942年，中美合作组织成立，3000名美国人被派往中国与军统联合作战，中国建立了两国针对日本的相互情报收集实体，同时也是两国之间的联合培训项目。

第三处则遭撤销解散。

改组后的中统和军统并立，本应该将各自业务划分清晰，各有所司，但双方摩擦频发，甚至发生纠纷。随着抗战的爆发，军统的作用更加明显，加上蒋的支持和戴笠自身的领导能力突出，使得军统在各方面都强压中统。

抗战结束后，1946年7月1日，国民党军事委员会调查统计局正式宣告结束，改组为国防部保密局，局长为郑介民，毛人凤任副局长。

蒋介石政权败退台湾后，部分保密局（前军统）成员滞留大陆从事情报活动，但遭到大陆政府的严厉镇压。截止50年代末其残余势力基本上被清洗肃清。

在台湾，保密局于1950年恢复建制，总部设于台北士林芝山岩，继续进行情报搜集工作。1955年保密局改组为国防部情报局，主要负责情报收集和战略分析，其他部分业务如侦查调查、情报对抗等工作转交司法部调查局负责。1985年7月1日，情报局与国防部特种情报室合并，成立国防部军事情报局，此部门隶属于国防部，受总参谋长直接指挥。

而中统则于1947年4月更名为中国国民党党员通讯局，除党部和党派调查室之外，其他部门转至业务相关的其他政府部门，但仍旧受党员通讯局的统一指挥。后几经改组，现为法务部调查局。

总结一下，对于中统和军统的主要区别在于：

机构性质：

中统是隶属于中国国民党执行委员会下属的情报机构，其主要职责是收集、分析和处理党内外的情报，影响范围主要在党内。

军统是国民政府军事委员会下属的情报机构，其主要职责是为国民党军队提供情报支持，活动范围主要在军事领域。

领导层：

中统背后的掌控者实际为陈立夫、陈果夫兄弟。

军统的领导层则由蒋介石的亲信戴笠掌控，因此影响力更大，特别是在抗战期间。

工作范围：

中统的工作重心主要在党务，并在文教领域发挥作用，包括打击反对党与社团、监控文化团队、控制社会舆论等。

军统的工作主要在军队和军事领域，包括收集军事情报、执行对日伪核心执行监视和暗杀等任务。

作用和影响力：

中统在国共内战前期对国民党内部的控制和影响较大，但随着国共内战的发展和战局的变化，其地位逐渐下降。

军统在国共内战期间对国民党军队的情报支持起到了重要作用，对敌人的暗杀和渗透也发挥了一定影响。

综上所述，中统和军统在组织性质、领导层、工作范围和作用等方面存在着区别，但它们都是国民党的情报机构，对国民党的政治、军事活动产生了一定影响。