清朝时期，正黄旗和镶黄旗同在“上三旗”之列，并且均有皇帝亲领，再加上满洲人历来以黄色为尊，因而两黄旗在八旗中的地位也是最高的，其中镶黄旗的地位最高，是“八旗”中的“头旗”。

努尔哈赤在创立“八旗”制度后，自己亲自统领正黄旗和镶黄旗，这一时期，正黄旗有45个牛录，镶黄旗有20个牛录。到了努尔哈赤统治后期，他分给大妃阿巴亥所生的三个儿子，即阿济格、多尔衮、多铎每人15个牛录，剩余的20个牛录留在自己麾下，成为他的亲兵部队，并且明确表示，在他驾崩之后，阿济格统领镶黄旗，多铎统领正黄旗，自己的亲兵则按照“幼子守灶”的传统全部交给多铎。

由于努尔哈赤统领的亲兵基本都来自于镶黄旗，因而这便是镶黄旗后来能够成为“头旗”的依据和传统，不过镶黄旗真正成为“头旗”，还是在皇太极在位时期。

八旗示意图

在努尔哈赤驾崩，皇太极登基后金大汗后，他先是通过与阿济格、多尔衮、多铎兄弟进行“黄白互换”，改由自己统领正黄旗，其长子豪格统领镶黄旗。之后，又借助对莽古尔泰、德格类、莽古济家族的打压，成功吞并了正蓝旗。紧跟着，皇太极经过一番整合后，将正蓝旗交给豪格统领，自己则是亲领正黄旗和镶黄旗，最初的“上三旗”格局就此形成。与此同时，镶黄旗不仅成为了皇帝的“本家”，清朝初年的几乎全部的勋贵家族，如额亦度的钮祜禄氏家族、费英东的瓜尔佳氏家族等皆出自镶黄旗，因而镶黄旗作为“头旗”的地位也就此确认。

在这之后，虽然“上三旗”的格局由镶黄旗、正黄旗、正蓝旗，变为了镶黄旗、正黄旗、正白旗，然而镶黄旗作为“头旗”的位置一直没有改变，并且对于皇后、宠妃以及有功之臣进行家族“抬旗”的最高荣誉也是“抬入镶黄旗”。

由此可见，“八旗”中的正黄旗与镶黄旗相比，还是镶黄旗的地位更加尊崇一些。