1865年，浩罕国的一位将军阿古柏率军侵入新疆南部，并且得到了英国的支持，英国与其签订条约，正式承认阿古柏政权。1870年，阿古柏势力又侵入北疆，占领了乌鲁木齐和吐鲁番。

眼看着英国势力的加入，沙俄不想新疆这块肥肉被英国独吞，1871年，沙俄侵入伊犁，与阿古柏一南一北形掎角之势意图侵占整个新疆。

祸不单行，1874年，日本侵入台湾，清廷东南沿海防务压力陡增。

清廷东西两面面临入侵压力，1875年，清廷文武百官展开了海防优先还是塞防优先的大讨论。海防论以李鸿章为代表，塞防论以左宗棠为代表。

海防派的论据有五个：第一，边防不如海防重要和紧迫，因为北京距海岸近，而新疆则离京师远；第二，由于财政苦难和新疆战役的胜算毫无把握，不得不重新考虑此役是否可行；第三，新疆土地贫瘠，一片不毛之地，不值得花这样高的代价去收复它；第四，新疆的周围有沙俄、浩罕强邻，不能长期固守；第五，缓期收复新疆并不是要放弃这片土地，只不过是保存实力等待他日再行收复。

塞防派也提出了五个论据：第一，新疆是西北防务的第一线，它守卫蒙古，而蒙古守卫着北京；第二，西方列强以及日本在沿海尚未造成直接入侵的危险，而俄国人在新疆的推进已经成为主要的威胁；第三，不应将边防军费转用于沿海防务，因为对沿海防务已经拨给固定的军费；第四，列祖列宗百战经营的土地不应放弃；第五，乌鲁木齐和阿克苏这样的战略要地应首先收复。

左宗棠认为俄国的侵入是心腹之患，而西方国家在东南沿海的威胁只是肢体之病。这与1681年康熙皇帝先收复台湾，再攻打准噶尔噶尔丹恰好反了过来。

从历代王朝的经验来看，塞防一直处于战略地位，远远优于海防，因为历代王朝总是面临北方游牧民族的入侵。秦汉时期的匈奴，隋唐时期的突厥，两宋时期的契丹、女真、党项以及最终灭南宋的蒙古，都是从北方而来，明朝虽然将蒙古族赶回了大漠，但有明一代北元依旧是明朝的心腹大患。发源于北方的满族王朝，本身就是以一个游牧民族入主中原的王朝，不能不清楚边防的重要性。北方游牧民族数次入主中原，这种历史记忆刻骨铭心。沙俄从东北、西北多地入侵，大有入主中原之势，新疆如果失陷，则蒙古、西藏均不能保，河西走廊亦不能保，最终中原将完全暴露在沙俄面前，塞防至关重要。

经过慎重考虑，清廷决定海防塞防并重，新疆必须优先收复。1875年4月23日左宗棠被委任为钦差大臣，全权督办新疆军务。左宗棠为准备这次战役而殚精竭虑，不惜向西方列强举债筹集军费，最后采取了“缓进速战”、“先北后南”的策略。1876年，刘锦棠迅速进入新疆，到11月便征服了北疆。1877年3月兵分三路进入南疆，迅速击溃阿古柏的军队，阿古柏于1877年5月29日自杀身死。虽然阿古柏的儿子们继续作战，但是已经是强弩之末，到1877年底，除了伊犁这块小飞地仍为俄国人占领外，整个新疆已被收复。

1881年，借着收复新疆的余威，曾纪泽代表清廷与沙俄签订了《伊犁条约》，1882年清廷收回了伊犁。1884年新疆正式设省，刘锦棠成为首任甘肃新疆巡抚。至此新疆牢固的掌握在了清廷手中，为后来中国的辽阔版图奠定了基础，左宗棠的功绩可谓功在当代，利在千秋。