射雕时期的全真教在王重阳在世时，有他这位天下第一高手坐镇，可以说是声望如日中天，称他们是天下第一大派丝毫不为过。但俗话说物极必反，盛极必衰，全真教自然也逃脱不了这个自然规律。到了射雕三部曲中最后一部的倚天时代，全真教在江湖中完全没有了消息，消失于金庸江湖的历史长河之中。那么全真教到底去哪儿了，为何百年不到的时间，这个庞大的帮派就没有了任何消息流传于世？

金庸江湖的全真教，是由第一次华山论剑时的组织者，曾力压黄药师、洪七公、欧阳锋和段智兴夺得魁首的王重阳一手组建。王重阳也因为这次华山论剑被尊称为“中神通”。全真教的创建，就与王重阳的个人经历有关。

在金庸的笔下，王重阳是一位抗金义士，曾在成年之后弃武习文，改学武功，也因此成为一代宗师。后来抗金失败，王重阳怒而回到当初作为义军基地的终南山活死人墓隐居几年时间，以示不与金人同处一片蓝天之下。后来因为林朝英上门故意激怒他，这才引得王重阳重出江湖。

也因为这次事件，王重阳和林朝英产生了情愫，开始携手行走江湖，并逐渐产生了感情。可惜两人的性格却都有些耿直，好胜心强，不愿意服人。这也导致二人感情产生了危机，最终一个郁郁而终，死于古墓之中。另一个出家为道，在终南山创立了全真教。

全真教的逐渐衰落，其实与王重阳的个人倾向也有很大的关系。王重阳虽然曾经夺得过天下第一的称号，但本人并不好斗，对于武功也只是当作一个工具来用，并不曾有深沉的执念，非得学到极致才行。

在创建了全真教以后，王重阳更是时刻以修道者来要求自己和门人弟子。他收的七个徒弟号称全真七子，武功皆是王重阳亲传的。全真七子中武功最高者为长春子丘处机，但王重阳却并不喜欢丘处机，理由就是丘处机过于痴迷武功，荒谬了修道大业。师父都这样认为了，王重阳在世时恐怕也不会多认真地教导徒弟武功，全真弟子恐怕也没法将修炼武功作为最大的追求。

特别是因为面子问题，担心其他人会认为自己夺得《九阴真经》是因为私心作祟，于是王重阳严令门人弟子不得修炼《九阴真经》上的功夫。王重阳死后更是直接命令他的师弟周伯通将《九阴真经》另觅他处埋起来，免得遗祸江湖。

可能是觉得自己修炼的先天功有缺陷，王重阳宁愿将先天功与南帝段智兴交换，换得只能自己使用的一阳指，用来克制西毒欧阳锋，也未将这门自己的最强绝学传授给门人弟子，或者书写成册留给全真教后人。如果说这门武功有缺陷，王重阳又如何断定后世的弟子中没有惊才绝艳之辈，可以将这门武功缺陷补足，或者也能修炼成功？

也正是因为王重阳只重修道，不重武功的喜好，导致全真教在他离世后完全失去了江湖主导地位。王重阳的师弟周伯通武功倒是可以接过他的衣钵，可惜周伯通的性子决定了这就是一个严重缺乏责任心的人，只求个人活得开心快活，哪管他人会如何。

在武侠江湖中，决定一个门派兴盛与否的一个重要依据就是掌门人的武功境界，或者说是门派是否有镇派高手，让其他门派对你足够的忌惮，不敢侵犯。丘处机武功再厉害，也不过是江湖一流顶尖，离五绝的境界还差得极远。再后面的三代四代弟子更是人才凋零，一代不如一代。

到了神雕时代还好，全真教还可以靠着先人的遗泽活得很好，无人敢冒犯。毕竟此时老顽童周伯通虽然不管事，但好歹江湖人都知道这位顶级高手是重阳真人的师弟。再加上全真七子之首，第二代掌教丹阳子马钰曾与郭靖郭巨侠有授艺之恩，全真有事，以郭靖的性格与不会置身事外，全真教也无人敢惹，倒也不用担心江湖地位剧降。

明显的例子就是最后的襄阳城大决战，黄药师排出二十八星宿大阵，其中一路的领军人物就是全真教掌教真人李志常。但原著中已经明说了黄药师对这一路最为放心不下，觉得实力是最弱的。此时全真教已经明显在走下坡路。

杨过最后虽然飞石击毙了蒙哥大汗，给襄阳城带来了十年左右的和平期，但蒙元一统中原的趋势已经不可阻挡。倚天中也提到了最后郭靖黄蓉夫妇在襄阳城破后力战而亡，作为当时正道各派重要组成部分的全真教相必也是参加了这场最终决战的，精英人物很可能就是在此战中全军覆没。这跟倚天时代丐帮沦落为二流帮派的原因异曲同工。毕竟没有真正高手照拂，自保都会成问题。

当然还有一个重要的原因可能就是不同作品的时代背景决定的。金庸创作作品时，经常借鉴真实历史上存在的人物，再进行一定的艺术加工。比如张三丰、王重阳这两位在真实历史上都真正出现的人物。用这种真实的人物或者将作品放在真实的历史中也是有弊端的，那就是不能脱离历史而天马行空地随意创作。

在射雕时代还可以无视全真教处于终南山这个金占区，如何做到抗金后金国不报复的问题，但到了以蒙元时代为背景的倚天时代，如何能枉顾真实历史上全真教是在这一时期才壮大的事实？既然无法避免，干脆就不写这个门派了。

让全真教消失于江湖之中，也算是有理有据，毕竟除了少林、丐帮这种存在基础无比雄厚的门派，金庸江湖还很少有哪个门派能常盛不衰的，按这种论据，全真教在倚天中消失倒也算是正常的。