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1922年6月，由孙中山一手扶植起来的粤军总司令陈炯明背叛革命，并在帝国主义和直系军阀的怂恿下在广州发动政变，炮轰总统府，妄图置孙中山于死地。孙中山在叶剑英等人拼死护卫下避难于永丰舰，靠着依然忠诚的一部分海军舰艇侥幸逃出包围，但随着形势的日益恶化，孙中山不得不于8月9日再次离开广州，退往上海。

广州市内，滇桂两军和商团武装桀骜不驯

陈炯明的反叛之举，使孙中山认识到依靠一派军阀去打到另一派军阀是绝对不可能的，必须寻找新的道路，建立属于自己的革命武装。1923年1月中旬，在广西境内的滇军和桂军各一部，以拥护孙中山的名义进军广州，驱逐了陈炯明叛军。2月，孙中山再回广州，重建大元帅府，立即做出了创建革命军队的决策，并准备仿效苏俄红军建军经验，先创办军官学校，作为建立革命军队的基础。

虽然孙中山有决心、有设想，可惜此时他这位大元帅只是名义上的领袖，在广州这块地盘上话语权有限。当初陈炯明叛乱占领广州，是刘震寰的桂军和杨希闵的滇军等武装联合从广西出兵，一举击退了叛军，此后这些家伙就长期盘踞广州市区，把持着税收大权，横征暴敛，不断壮大力量。其中，仅杨希闵就已经号称“3万雄兵”了。此外，广州当地商会在英国支持下，也组建了数千人的商团武装，在市区公开训练，不服从革命政府法令。

广州周边，两大军阀虎视眈眈

在广州以外的广东其他地区，各路敌人也始终对革命政权虎视眈眈，已经败退出广州的陈炯明依然号称“10万大军”，就驻扎在惠州等地，随时准备反扑；在广东南部及海南岛地区，土著军阀邓本殷虽然打着中立的幌子，但暗地里已经投靠了张作霖、吴佩孚等掌控的北京政府，积极扩军备战，随时有可能派兵袭击广州。

因此，黄埔军校的选址，首先要考虑广大师生的安全问题，由于杨希闵、刘震寰等军阀加上帝国主义势力控制的商团武装在市区兵力庞大，桀骜不驯，随时可能发动突然袭击，因此军校选址必须离开市区，但如果距离太远，又可能遭到陈炯明、邓本殷等外敌的打击。为此，黄埔军校最终选址在在远离市区的黄埔岛上。

黄埔岛易守难攻，防备遭人偷袭

此外，早在清道光年间，民族英雄林则徐奉命来广州禁烟，并有了“虎门销烟”的历史壮举。当时为了防止英帝国主义报复，林则徐及广东水师提督关天培等人特地在这里修筑了多处炮台，以后又建立了军事要塞，用来抵御船坚炮利的英国侵略者。虽然随着时光的流逝，这里的各类防御设施已经年久失修，但与其隔江相望的鱼珠炮台和侧面的沙路炮台尚在，可以与黄埔岛形成三足鼎立之势，抵御来自水面的威胁。

军校正式选址在黄埔岛上

从经济角度考虑，这座岛上有清朝末年设立的陆军小学堂，后来又设立了广东陆军学校和海军学校，旧址校舍虽然残破，但在此基础上修葺总比原地重新建设要方便得多，也可节省大量人力、武力，最重要的是，可以节省下更多宝贵的时间，使得黄埔军校早日建立。因此，1924年1月28日，孙中山在宣布筹委会名单的同时，正式选定以广州近郊黄埔长洲岛为陆军军官学校校址。

后来的事实证明，选定黄埔孤岛作为军校校址是非常正确的。因为随着军校中革命力量的不断壮大，各路反动势力均感到了巨大的威胁，尤其是距离最近的杨希闵、刘震寰等人，仿佛感觉到自己的末日即将来临，因此先后多次扬言派兵来犯，要武装解散黄埔军校，只是由于黄埔岛进可攻退可守的地形才迟迟没有动手。

黄埔学生军壮大后，迅速铲除各路威胁

1924年10月，刚刚在黄埔岛上经过数月训练的军校师生组成学生军，离岛上岸，配合其他部队首先解除了为虎作伥的广东商团武装；次年，又东征陈炯明，连克淡水等要地，陈炯明仅剩2万余残兵退守惠州老巢；此时杨希闵、刘震寰率部在广州发动叛乱，学生军星夜回援，经过2天激战，全歼两部叛军，彻底肃清了广州革命政权的心腹之患。